Πρόκειται για μία από τις δύο δικογραφίες που σχηματίστηκαν από την έρευνα της Εισαγγελίας Ανηλίκων, με την δεύτερη να αφορά κακουργηματική κατηγορία για σεξουαλικές πράξεις σε βάρος δύο ανηλίκων, που αποδίδονται στον πατέρα Αντώνιο. Παράλληλα, σε εξέλιξη είναι και ο έλεγχος στην οικονομική διαχείριση του ΜΚΟ.
Η δίκη ενώπιον του Τριμελούς Πλημμελειοδικείου, που αφορά την διάπραξη σοβαρών αδικημάτων σε βαθμό πλημμελήματος σε βάρος ανήλικων και εφήβων παιδιών φιλοξενούμενων σε δομές της Κιβωτού, αναβλήθηκε για τις 11 Δεκεμβρίου 2023, λόγω κωλύματος συνηγόρων υπεράσπισης οι οποίοι παρίστανται στην δίκη για την τραγωδία στο Μάτι.
Η δικογραφία αφορά σωρεία αδικημάτων όπως αυτά της βαριάς σωματικής βλάβης ανηλίκων υπό προστασία, επικίνδυνης σωματικής βλάβης, απλής σωματικής βλάβης , απειλής, έκθεσης και αφορά καταγγελίες φιλοξενούμενων παιδιών. Ο ιδρυτής της Κιβωτού είναι αντιμέτωπος με την κατηγορία της ηθικής αυτουργίας σε όσα καταλογίζονται σε εργαζόμενους σε χώρους της ΜΚΟ στην Αθήνα και σε επαρχιακές πόλεις.
Στη δίκη δήλωσαν παράσταση προς Υποστήριξη της Κατηγορίας πάνω από δέκα θύματα, ενήλικοι και ανήλικοι.
Τα αδικήματα, σύμφωνα με τη δικογραφία, φέρεται να έχουν διαπραχθεί από τον Απρίλιο του 2018 έως και τον Αύγουστο του 2022 σε βάρος αγοριών, στην πλειονότητα τους εφήβων σε δομές της Κιβωτού σε Αθήνα, Βόλο και Χίο.
Το κατηγορητήριο περιγράφει συνθήκες κολαστηρίου που φαίνεται να βίωναν τα θύματα με εξαντλητικές βαριές εργασίες, πολυήμερες ή πολύμηνες απομονώσεις σε άθλιες συνθήκες, σωματική κακοποίηση, απειλές κ.α. Στην δικογραφία περιγράφεται μία "μεθοδευμένη πρόκληση σωματικής εξάντλησης, επικίνδυνης για την υγεία και ψυχικού πόνου ικανού να επιφέρει σοβαρή ψυχική βλάβη" που σε κάθε περίπτωση αναλύεται όπως περιγράφηκε από τα θύματα.
Όσον αφορά τον κληρικό, ιδρυτή της ΜΚΟ πατέρα Αντώνιο, το κατηγορητήριο αναφέρει πως "Προξένησε σωματική κάκωση και βλάβη της υγείας σε ανήλικους ευρισκόμενους υπό την προστασία του βάσει πραγματικής κατάστασης και σε πρόσωπο που δεν μπορούσε να υπερασπίσει τον εαυτό του, ευρισκόμενο υπό την προστασία του βάσει πραγματικής κατάστασης και με το οποίο είχε σχέση εργασίας, η οποία είχε ως επακόλουθο τη βαριά σωματική τους βλάβη, με τη μεθοδευμένη πρόκληση σ' αυτούς σωματικής εξάντλησης επικίνδυνης για την υγεία τους και ψυχικού πόνου ικανού να επιφέρει σ' αυτούς σοβαρή ψυχική βλάβη, μέσω της παρατεταμένης απομόνωσης αυτών".
